Die geologischen Verhältnisse im Berg geben bei der Planung eines Tunnels den Ton an. Die tatsächlich vorliegende Geologie lässt sich jedoch nicht vollständig vorhersagen. Vor allem einzeln vorkommende Karsthohlräume und Störzonen, die instabil oder wasserführend sein können, stellen eine grosse Herausforderung für die Tunnelbauer dar. Solche Vorkommnisse können den Tunnelvortrieb, insbesondere die Arbeit mit einer Tunnelbohrmaschine, stark beeinträchtigen – wobei es auch zu Beschädigungen des Bohrkopfes kommen kann.

Bereits beim Bau des Autobahntunnels hat man im Bereich des Portals Gäsi ein weitläufiges Karsthöhlensystem – die sogenannte «Gäsihöhle» – tangiert. Im Jahr 2015 wurde deshalb das Karstrisiko entlang des neuen Sicherheitsstollens genauer erkundet, was wiederum in der Planung des Sicherheitsstollens entsprechend berücksichtigt wurde.